Trois catégories de troubles peuvent affecter ce tissu mou. Tout d'abord, une dilatation de l'oesophage, soit généralisée, et elle correspond alors à un mégaoesophage, soit localisée en diverticule, et elle constitue un jabot oesophagien. Le mégaoesophage peut être congénital ou acquis. Son origine précise est encore mal connue. Le jabot oesophagien témoigne de l'existence d'un obstacle le long du trajet de l'oesophage. Selon l'âge de l'animal, on pense ou à une malformation congénitale, ou à un corps étranger, ou à une tumeur. Les symptômes observés sont des difficultés de déglutition, des régurgitations du bol alimentaire. Progressivement, le chien s'amaigrit et s'affaiblit. Le diagnostic de cette affection fait appel à un examen radiologique qui permettra, entre autres, d'en préciser le pronostic.
Le deuxième type d'affection touchant l'oesophage correspond aux états inflammatoires. Les oesophagites ont deux origines principales : l'ingestion de produits caustiques et le reflux de sucs gastriques. Certains corps étrangers vulnérants peuvent aussi en être responsables. Le chien manifeste une hypersalivation, des difficultés à déglutir, et refuse de s'alimenter. L'oesophagite est un trouble secondaire, il est important d'en déterminer la cause par les examens adéquats.
Enfin, l'oesophage peut être perforé par un corps étranger, notamment des os de poulet ou de lapin. Selon leur localisation, les conséquences sont variables, allant de la simple plaie à la perforation d'un poumon. En général, le chien manifeste une gêne et de la douleur. Il cherche à vomir et à tousser de façon continue.
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