Suite à sa transmission, le virus rabique se multiplie au point d'inoculation, en particulier dans les myocytes. Il diffuse dans ces derniers de proche en proche jusqu'à atteindre des terminaisons nerveuses (les tendons sont richement innervés).
Après pénétration dans le nerf, il progresse passivement le long des filets nerveux en direction du système nerveux central. C'est le phénomène de neuroprobasie.
Une fois au niveau du Système nerveux central, il se multiplie dans les cellules nerveuses et va diffuser via les nerfs dans des tissus proches comme la cornée, les glandes salivaires...où il se multipliera à nouveau. Cette diffusion se fait par une septinévrite.
Ainsi le virus envahira de manière centrifuge, le système nerveux et tous les tissus.
Variations de la symptomatologie : les symptômes diffèrent en fonction de la localisation de la multiplication du virus au niveau du système nerveux. En effet, en fonction de tel ou tel centre nerveux touché, il y aura tel ou tel symptôme dominant. Ainsi, les hallucinations et les troubles fonctionnels seront liés à des lésions encéphaliques, alors que la paralysie des masséters résultera de lésions du bulbe ou de la moelle épinière.
Cette caractéristique de la pathogénie est importante car elle a des répercussions épidémiologiques via l'agressivité, les fugues et la virulence salivaire (dues à des lésions du centre psychomoteur et à l'atteinte du nerf intermédiaire innervant les glandes salivaires) et des répercussions cliniques via le polymorphisme de l'expression clinique observée.
De plus, plus le point d'inoculation sera distant du système nerveux central, plus la durée d'incubation sera longue.