La domestication du chat reste assez mystérieuse et n'est pas établie avec certitude. L'option traditionnelle veut que le chat ait été domestiqué en Égypte où, effectivement, existent des premières traces de domestication du chat vers 4 500 ans avant J.-C. C'est de l'une des sous-espèces du chat sauvage, Felis silvestris libyca, que descendrait le chat égyptien. Il aurait été d'abord un commensal de l'homme, partageant sa nourriture avant que ne s'installe une plus grande familiarisation entre l'homme et l'animal qui devient "familier", puis de "compagnie".
Les Égyptiens ont même dû, tout au long du Nouvel Empire (environ 1 580-1 070 avant J.-C.) et jusqu'à des périodes ptolémaïques (300 ans à 30 ans avant J.-C.), admettre près d'eux et apprivoiser des chats sauvages qu'ils ont fait ensuite momifier comme ceux domestiqués depuis longtemps.
Cependant, selon certains chercheurs, il existerait plusieurs foyers indépendants de domestication : au Pakistan où vit encore à l'état sauvage le chat orné, de faible capacité crânienne, c'est lui qui serait arrivé en Égypte ; en Libye, à partir du chat libyque de plus grande capacité crânienne, et peut-être aussi en Extrême-Orient méridional, expliquant l'origine séparée du chat européen.
Le culte du chat chez les Égyptiens a pu avoir pour origine un élevage de chats domestiqués d'origine indienne, mais l'origine asiatique du chat domestiqué est néanmoins controversée.
Pour mesurer l'indice de domestication du Chat, les archéologues ont utilisé plusieurs méthodes dont l'une, mesurable, l'indice crânien de Schauenberg ou rapport de la longueur du crâne sur la capacité crânienne. Celle-ci est plus faible chez le chat domestique.
L'indice crânien du chat domestique actuel est donc plus proche de celui du chat orné d'Afghanistan, du Pakistan et d'Iran que celui du désert libyque. Selon Schauenberg, le chat serait arrivé d'Iran en Égypte déjà domestiqué ou en voie de domestication.
Cette hypothèse, fondée sur le volume du cerveau, rattache le chat domestique au chat sauvage de l'Inde et du Pakistan. Schauenberg a montré en fait que ce dernier a une capacité crânienne inférieure à celle du chat ganté africain et à celle des chats momifiés d'Égypte, mais voisine de celle du chat domestique. La domestication serait donc liée à la capacité crânienne ou au volume du cerveau : plus il est petit, plus l'animal est "domestiqué".