Les rongeurs sont potentiellement vecteurs de maladies (par leurs morsures, leurs puces...), mais les nuisances qu'ils induisent concernent essentiellement leurs déprédations (matériaux d'isolation, fils électriques, stock d'aliments).
Différentes mesures permettent de lutter contre la présence de rongeurs :
propreté des locaux et absence de restes alimentaires,
système de protection adapté au mode de vie du rongeur (grillage enfoui, bas de porte métallique),
présence de marches d'au moins 30 cm à l'entrée du lieu de stockage de l'aliment,
colmatage ou protection par un grillage de toutes les ouvertures (mailles métalliques inférieures à 15 mm, canalisations, ondulations de toiture).
L'utilisation de rodenticides (poisons anticoagulants entraînant chez le consommateur des hémorragies internes mortelles) implique d'identifier la ou les espèces cibles.
Le support de l'appât varie, en effet, suivant les habitudes alimentaires du rongeur à détruire : blé pour le rat noir de grenier, avoine décortiquée pour la souris qui ne consomme que l'intérieur du grain, carottes ou betteraves empoisonnées disposées à l'entrée des terriers pour les rats musqués habitués à consommer des racines, fruits ou gâteaux secs, noix ou pain d'épice pour le lérot et le loir.
L'utilisation de rodenticides doit se faire avec beaucoup de précautions car :
ils sont appétents et toxiques pour la plupart des espèces (y compris les chats et les enfants),
ils ont un effet différé sur les rongeurs (pas de cadavre retrouvé),
ils sont également toxiques indirectement pour un chat se nourrissant de rongeurs empoisonnés.
Les précautions à prendre sont donc les suivantes :
respecter scrupuleusement les indications du fabricant,
alterner les produits utilisés (risque d'accoutumance),
réapprovisionner les postes tous les 2 ou 3 jours,
ne pas manipuler ces produits sans gants pour éviter d'y laisser des odeurs suspectes,
placer les appâts dans des endroits sombres (produits instables à la lumière).
Enfin, il est à noter que la destruction des nuisibles est strictement réglementée (décret n°940 du 30 septembre 1988) et que de nombreux cas d'intoxication sont à déplorer chaque année.