Le contrôle de l'aération permet de maîtriser la qualité de l'air ambiant en évitant l'accumulation de gaz irritants ou malodorants, de limiter la pression infectieuse (virus), les risques de contamination aérienne et d'influer sur la température et l'hygrométrie ambiante. Les gaz se déplacent en fonction de leur température et de leur densité par rapport à l'air. Ainsi, l'ammoniac (produit par la fermentation des excréments), plus léger que l'air, aura tendance à s'accumuler en hauteur tandis que le gaz carbonique, plus lourd que l'air, aura tendance à stagner dans les couches inférieures. L'odeur ambiante permet donc de renseigner sur les défaillances de ventilation et leur localisation, l'idéal étant de ne sentir ni odeur ni courant d'air. Des taux de 3 500 ppm (3,5 l/m3) pour le gaz carbonique et de 15 ppm pour l'ammoniac sont les maxima supportables par les chats. À titre de comparaison, une concentration de 5 ppm correspond à une odeur à peine perceptible par l'homme.
Pour évacuer efficacement les odeurs, l'aération doit assurer environ 8 à 10 renouvellements du volume d'air par heure en hiver et jusqu'à 30 renouvellements d'air par heure en été ou dans le cas de densité de population élevée.La vitesse de l'air peut se mesurer à l'aide d'un anémomètre ou s'apprécier beaucoup plus simplement par la méthode de la bougie. La flamme doit vaciller sans trop s'incliner, ce qui correspond à une vitesse de l'air inférieure à 30 cm par seconde, soit moins de 1 km/h. En l'absence d'animaux, la circulation de l'air peut être matérialisée par la méthode des fumigènes qui permet de visualiser les entrées et les sorties d'air pour contrôler les bouches d'aération et le système de chauffage.
La maîtrise de l'aération dans les boxes, même sans faire appel à des techniques comme la ventilation mécanique, passe donc par une bonne orientation des ouvertures par rapport aux vents dominants, par une maîtrise logique du gradient de température, par l'étanchéité des jointures et enfin par le réglage des points d'aération (en bas) et d'extraction.