La pathologie intestinale est dominée par les entérites. Ces inflammations plus ou moins sévères de la muqueuse intestinale ont différentes origines : agent infectieux, aliment non adapté, parasites, corps étrangers... Selon leur durée d'évolution, on parle d'entérites chronique ou aiguë. Les symptômes sont très variables allant de la constipation à la diarrhée, de l'hyperthermie à de l'abattement. Elles sont parfois associées à une pathologie gastrique et on parle alors de gastro-entérite. Par les désordres métaboliques qu'elles engendrent, elles peuvent conduire à un grave état de déshydratation parfois mortelle pour les animaux les plus faibles.
Les occlusions et obstructions intestinales font partie des causes d'intervention chirurgicale les plus fréquentes. Elles sont généralement consécutives à l'ingestion de corps étrangers comme des bouts de ficelle ou des jouets en plastique.
Une attention toute particulière doit être portée au parasitisme intestinal. Le chien peut être infesté par des vers ronds (ascaris, trichures et ankylostomes) et/ou des vers plats (taenia dipylidium, echinocoques). Ils les ingèrent en fouillant le sol ou par l'intermédiaire d'insectes vecteurs comme les puces. Ces parasites provoquent de l'amaigrissement, des vomissements et des diarrhées. Le chien manifeste sa gêne en traînant son arrière-train sur le sol, ce qu'on appelle le "signe du traîneau". Les animaux de tout âge sont infestés avec une prédilection pour les chiots. Ils sont sources de contaminations humaines. Un programme de vermifugation doit être établi chaque année avec le vétérinaire.
Le gros intestin ou côlon est le siège d'une inflammation chronique dite colite chronique. Son origine est encore une fois très diverse : d'ordre alimentaire ou allergique, parasitaire ou métabolique, inflammatoire ou tout simplement inconnue. Elle se manifeste par des selles glaireuses, une couleur à la défécation et des épisodes de diarrhées plus ou moins sévères.
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