De nombreuses maladies infectieuses, qu'elles soient d'origine bactérienne ou virale, peuvent affecter la reproduction en étant responsables d'infertilité, de métrites, d'avortements ou de mortalité néonatale.
La plupart des maladies bactériennes atteignant l'appareil génital sont difficiles à diagnostiquer avec certitude car, s'il est banal d'isoler des germes dans les prélèvements (écouvillonnage vaginal ou préputial par exemple), il est en revanche beaucoup plus difficile de prouver leur responsabilité dans les symptômes observés. Leur présence peut en effet être le résultat d'une contamination du prélèvement par l'urine, le mucus vaginal chez la femelle ou le liquide prostatique chez le mâle.
Dans tous les cas, des écoulements anormalement abondants au niveau de la vulve ou du fourreau devront être analysés par le vétérinaire qui les traitera à l'aide d'antiseptiques ou d'antibiotiques appropriés. Ces derniers sont cependant inactifs contre certaines infections virales communes comme l'herpès virose canine.
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