L'entretien sanitaire du chenil est une lutte permanente contre des ennemis (bactéries, virus, moisissures, parasites) menaçant les chiens, les aliments, l'eau de boisson ou les bâtiments.
Ces nuisibles sont transportés par des vecteurs tels que excréments, bottes, vent, insectes, rongeurs, etc.
Il est possible de les combattre à l'aide de moyens physiques (chaleur, rayons ultraviolets, haute pression...), ou chimiques (détergents, désinfectants) préventifs ou curatifs.
Il existe, ce faisant, de nombreux moyens de barrer la route à la contamination.
Il n'est naturellement pas question de maintenir en permanence les structures stériles (absence totale de germes) mais seulement d'aboutir à un équilibre entre le microbisme ambiant de l'élevage et les capacités de défense des chiens, en s'attachant à entretenir un milieu défavorable au développement des agents pathogènes.
Quand le milieu leur est favorable, les bactéries se fixent aux surfaces (facteurs d'adhésion) et se multiplient très rapidement de façon exponentielle (chaque bactérie se divisant en deux à chaque génération).
Le nettoyage consistera à désincruster les matières organiques à l'aide d'un détergent et d'"huile de coude". Suivra alors l'étape de la désinfection visant à combattre le développement des germes restants (effets bactériostatique, virustatique...) ou à détruire la majorité des germes sensibles (effets bactéricide, virucide...).
Un désinfectant bien choisi doit avoir un spectre d'activité couvrant les germes en cause, c'est-à-dire qu'il détruira par exemple 99% des ennemis au premier usage et 99% des 1% restant au deuxième passage avant qu'ils n'aient eu le temps de se reproduire. Le simple fait d'omettre une séquence de nettoyage (repos du week-end par exemple) peut permettre un développement dangereux de germes pathogènes.
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